Le génotypage appliqué aux souches de Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) est devenu un outil indispensable pour la surveillance épidémiologique de ce pathogène vétérinaire d’importance significative.
Pour MAP, les techniques les plus adaptées et employées reposent sur le typage « multi-locus analysis » (MLVA) créé à l'aide de 8 marqueurs de type « mycobacterial interspersed repetitive units » (Miru) et séquences répétées en nombre variable (VNTR) et le typage par séquençage Multilocus (MLST) créé à l’aide de 11 marqueurs « Short Sequence Repeat » (SSR). Ces méthodes, standardisées, facilement exportables, reproductibles et discriminantes sont des outils polyvalents pour l'identification des souches de MAP mais également des souches du complexe Mycobacterium avium MAC. Au cours des 5 dernières années un nombre important et croissant de génotypes des souches d'origines diverses ont été identifiés dans de nombreux laboratoires, cependant, aucune application Web était disponible pour connaître les profils existants et pour déposer les génotypes nouvellement définis.
Pour répondre à ce besoin une application web appelée « base de données Mac-INMV-SSR» a été développée, http://mac-inmv.tours.inra.fr. Ce service accessible gratuitement permet aux utilisateurs de comparer les données de génotypage de leurs souches analysées par MLVA et MLST avec ceux des souches de référence.
Cette base de données en libre accès a été créée avec les données de génotypage des souches du MAP et de souches membres du complexe MAC. Cette base de données regroupe tous les profils obtenus dans nos laboratoires et ceux publiés dans la littérature.
• Les informations de base de données renseignent le statut des espèces et sous-espèce, l'incrémentation des profils générés par MLVA (INMV) et par MLST (MLSSR) pour chaque locus le nombre de répétition, et le génotype défini par un numéro résultant d’un code numérique.
• L'utilisateur peut consulter et interroger tous les profils INMV et MLSSR existants afin de voir si les profils identifiés dans son laboratoire existent déjà. Si les profils ne sont pas connus, l'utilisateur peut demander un nouveau numéro d'attribution en ligne.
• Toutes les informations peuvent être exportées sous format EXCEL ou PDF. Une documentation complète concernant la méthode de génotypage, les protocoles, les séquences des amorces et des informations de terrain, sont à la disposition des utilisateurs. Les utilisateurs sont invités à faire part de leurs commentaires, toujours les bienvenus, pour faire progresser et améliorer la base de données.
Références utilisées pour établir cette base de données
• Cochard T., Branger M., Supply P., Srivantsan S., Biet F., 2020.
MAC-INMV-SSR: a web application dedicated to genotyping members of Mycobacterium avium complex (MAC) including Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis strains. Infection, Genetics and Evolution 77:104075. [Pubmed]
• Biet F, Sevilla IA, Cochard T, Lefrancois LH, Garrido JM, Heron I, Juste RA, McLuckie J, Thibault VC, Supply P, Collins DM, Behr MA, Stevenson K. 2012.
Inter- and intra-subtype genotypic differences that differentiate Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis strains. BMC Microbiol 12:264. [Pubmed]
• Radomski N, Thibault VC, Karoui C, de Cruz K, Cochard T, Gutierrez C, Supply P, Biet F, Boschiroli ML. 2010.
Determination of genotypic diversity of Mycobacterium avium subspecies from human and animal origins by mycobacterial interspersed repetitive-unit-variable-number tandem-repeat and IS1311 restriction fragment length polymorphism typing methods. J Clin Microbiol 48:1026-1034.[Pubmed]
• Thibault VC, Grayon M, Boschiroli ML, Willery E, Allix-Beguec C, Stevenson K, Biet F, Supply P. 2008.
Combined Multilocus Short-Sequence-Repeat and Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit-Variable-Number Tandem-Repeat Typing of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis Isolates. J Clin Microbiol 46:4091-4094.[Pubmed]
• Thibault VC, Grayon M, Boschiroli ML, Hubbans C, Overduin P, Stevenson K, Gutierrez MC, Supply P, Biet F. 2007.
New variable number tandem repeat markers for typing M. avium subsp. paratuberculosis and M. avium strains: comparison with IS900 RFLP and IS1245 RFLP typing. J Clin Microbiol 45:2404-2410. [Pubmed]
• Motiwala AS, Amonsin A, Strother M, Manning EJ, Kapur V, Sreevatsan S 2004.
Molecular epidemiology of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis isolates recovered from wild animal species. J Clin Microbiol. 2004 Apr [Pubmed]
• Amonsin A, Li LL, Zhang Q, Bannantine JP, Motiwala AS, Sreevatsan S, Kapur V 2004.
Multilocus short sequence repeat sequencing approach for differentiating among Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis strains. J Clin Microbiol. 2004 Apr. [Pubmed]